美国急救研究所（Emergency Care Research Institute, ECRI）事故和法医调查总监Scott R. Lucas博士认为，对于医院来说做好医疗设施的清洁灭菌消毒工作，仔细完成每个复杂的程序，是个困难的挑战。
Lucas表示清洁灭菌消毒的过程很复杂，并且并没有正真获得足够的重视。仪器设施的清洁和灭菌一般是通过供应室到手术室再回来。期待这样的一个过程中零污染，系统性来看，这绝对是一种挑战。
在这个过程中若有任何一个环节没有遵从流程都可能会导致仪器被污染，从而使病人受到严重的不良影响。病人一般是免疫功能低下的，这样的话，一个本无害的污染会也将会引起一系列严重的感染。
正如Lucas所说，手术器械的清洗过程特别大程度到依赖于工作人员和系统的运作，这两者都有很多潜在隐患。除此之外，这样的一个过程涉及很多不同厂商的设备和附件在医学仪器技术持续不断的发展中，新的器械需要新的消毒灭菌流程。
近几年，媒体已经报道了大量由于不正确的设备清洁消毒导致疾病发生的事件。比如——
2008年，超过10000个病人被告知他们可能在肠镜检查中感染了血源性病原体，因为肠镜检查的设备和附件的重消流程没有严格处理。
为了避免这种爆发事件，先发制人很重要。若发生一次这种事件，就要检查流程中所有的东西去确认污染的来源，包括清洁消毒过程、设备维护、水和蒸汽的供应，甚至手术器械的状况和它们的消毒托盘和容器。
在忙碌的时段，大量的手术室推车会进入中心进行灭菌处理，这会引起一个瓶颈现象。瓶颈现象若发生，工作人员为完成工作负荷可能会在手动清洗过程中省去一些步骤。Lucas表示这大幅度提升了污染风险。另外，仪器设施清洁前放置时间越久，污染风险的发生率也会越高（例如，在手术室给予的酶的有效性会降低）。
为避免瓶颈发生，有足够的设备和有资质的员工工作才能满足手术室的要求。正在建造或是改建中心消毒部门的医院必须清楚，能够完全满足医院目前的要求，同时要为未来的趋势做好分配。另外，医院在购买仪器设施时应该咨询中心消毒部门的领导，这样才可以确保机构有足够的设施去处理医院新的器械。
当手术室日程排满，供应中心就应该预备足够的工作人员。手术室和供应中心领导和员工的及时沟通对于优化工作流程是很重要的。
专业机构的指导办法能够帮助机构建立处理过程，同时理解设备对于有效处理仪器的必要性。然而，没有一种型号是可以适合所有设备清洗的。不相同的型号的设备——甚至那些来自同一个供应商的——可能也需要不同的处理要求、计划和指导建议。
有一些设备，像手术刀或手术钳，是能够直接处理的。但是很多复杂的设备有一些小的腔管或可活动的部分需要谨慎的清洗，还有一些不能加热或是不能高温处理高温消毒的。
良好的设备清洗需要供应中心的员工对供应商的设备说明建议熟练掌握。另外，供应中心的员工还应注意到供应商对消毒者的建议。
Lucas建议医疗机构的水和水蒸气的质量和过滤系统要做日常监管和维护。不良的水质会影响器械以及设备设施本身的正常运作，水蒸气的质量上的问题会影响灭菌的效力。任何一个系统过滤不好会直接引起污染进入灭菌设备。
设备的染色和变色以及可疑的PH值提醒都是水过滤问题的一些信号。发现湿包布可能会提示水蒸气质量的问题。
对设备进行适当的清洁和消毒需要包括手术室和供应中心两个部门的协调合作。然而，根据Lucas所说，这两个部门缺乏沟通经常导致一个“相互指责”文化。
从一个病人安全的角度考虑，这是不应该发生的。手术团队应将供应中心看作是团队中很重要的部分。医疗机构可通过一些方式加强团队合作的氛围，例如，把手术室护士送去供应中心去观摩或者协助工作，又或者请供应中心做刷洗工作的人员去手术室协助工作。